Мышечная система подразделяется на мышечную систему тела (соматическую) и внутренних органов (висцеральную).
У настоящих рыб очень развита туловищная мускулатура (2 больших тяжа, расположенных вдоль тела от головы до хвоста, — т. lateralis magnus). Продольная соединительнотканная прослойка делится на спинную (верхнюю) и брюшную (нижнюю) части. Группа мышц головы управляет движениями челюстного и жаберного аппаратов. Плавники имеют свою мускулатуру.
Наибольшее скопление мускулов находится в спинной части.
Различают поперечнополосатые (скелетные мышцы тела и сердца) и гладкие мышцы (мышцы внутренних органов и стенок сосудов).
Поперечнополосатые мышцы делят на красные и белые (цвет обусловлен наличием миоглобина).